XAMPP+XOOPS+PubMedPDF+PukiWiki
医学・生物学系研究室内Portalサーバ パッケージ

[v0.80: 2005-08-15] [>> To English page]

File Name
Size
PMpdf-XAMPP-Wiki-Mac-E0.80.dmg 56MB Lab Portal Server Package: English Version (PowerPC only)
PMpdf-XAMPP-Wiki-Mac-J0.80.dmg 56MB Lab Portal Server Package: Japanese Version (PowerPC only)
README-en.txt 16kB Installation and usage notes: English Version
README-ja.txt 12kB Installation and usage notes: Japanese Version
PMpdf-Sync.tar.gz 10kB Cron script for synching multiple servers

目的(何をするソフトウエアか)

このパッケージは研究室内でメンバー間の情報共有に利用できるWeb+データベースサーバ (MacOS X版) の一発インストーラです。MacOS Xにインストール後、すぐにほとんど設定もなく使い始める事ができるサーバパッケージです。

LANに置かれたデータベースに研究室の何千という論文PDFファイルのコレクションを入れておき、 Webブラウザを介した検索によりすぐ取り出せるようにするためのシステムPubMedPDF/XOOPSが含まれます。特にPubMedPDFとiPapersの連携(下記)によりiPapersの取得した論文PDFが自動的に登録され、Webサーバから研究室の他のWindowsユーザにも提供できます。

また、ホームページの作り方を知らない人でも普通のブラウザだけで、 簡単に系統だてたWebサイトをメモ感覚で作れるWebベースのPukiWikiというシステムが含まれています。 Wikiは研究室マニュアルやお知らせ、実験ノート、実験システムの使い方、注意事項、 FAQ等をWordファイルで誰かが管理するのでなく、一番よく知っている人が、項目を自主的に分担して、 直接Web上のWikiでまとめていくことができます。 Wikiではブラウザさえあれば、簡単な変更はほとんど秒単位でできるのが特徴です。

[このパッケージは全てフリーでダウンロード可能なコンポーネントの組み合わせでできています(下記参照)。当研究室で現在使用中のものと同じシステムから著作権上再配布できないコンテンツを取り除いて凍結保存しただけものです。Windows版の同様なパッケージは可能ですが、当研究室ではWindowsのサーバは使っていないので、ここにはありません。このパッケージはPowerPC Mac専用です。Intel Mac版もようやくXAMPPのIntel版ができたので、http://www.apachefriends.org/en/xampp-macosx.html 可能になりましたが、もし研究室のサーバをIntel Macにしたら、このパッケージもアップデートします。]


PubMedPDF/XOOPSのスクリーンショット



研究室論文PDFライブラリの検索

検索結果から論文のPDFファイルを開く
(各論文項目の右下の[PDF]をクリック)



インストールの方法

MacOS X用のインストーラパッケージにより、 Terminalでコマンドを使用すること無しにインストールからデフォルトシステムの起動を行うことができます。

[0] 「システム環境設定」の「共有」で「パーソナルWeb共有」をOffにする。 (チェックマークが消えた状態にする。)  全く別のApache Webサーバを使うので、OnのままではパーソナルWeb共有のApacheサーバと衝突するため。

[1] ダウンロードする

http://platform.visiome.org/
でPubMedPDFでサーチし、
PMpdf-XAMPP-Wiki-Mac-#.##.dmgをダウンロードする。

[2] インストールする

PMpdf-XAMPP-Wiki-Mac-#.##.pkgをダブルクリック してインストールする。

[3] XAMPPを起動する
/Applications/xampp/StartXAMPP.scpt

をFinder(Dockに置いても良い)からダブルクリックするとScript Editorが起動するので、Runボタンを押す。
Rootユーザでサーバを起動する必要があるので、Administratorとして認証を求められる。 パスワードを入れた後、しばらく待って下に起動メッセージが表示されたことを確認してScript Editorをquit.

このスクリプトを使わなくても、Shellの使用が問題なければ、 次のコマンドでも起動できます:
sudo /Applications/xampp/xamppfiles/mampp start

起動メッセージが出たら、ブラウザで
http://localhost/
http://localhost/xoops/
http://localhost/pukiwiki/
にアクセスし、それぞれXOOPSとPukiWikiが動作している事を確認してください。

起動後はユーザがログアウトしても、サーバは動き続けます。サーバの動作中に別のユーザがログインして、 普通のMacとして使う事もできます。サーバなので電源管理の設定で、スリープしないようにすることが必要です。

HTTP Proxyについて: もしLANがHTTPプロキシを通じて外部のインターネットにつながっている場合は、XOOPSのPubMedPDFモジュールがプロキシサーバを使うように設定する必要があります。XOOPSに管理者としてログインし、管理者メニューから、PubMedPDFの設定を行ってください。最近は使いやすいNAT/DHCPの利用が一般化しProxyの使用は減少傾向にあるので、ほとんど心配する必要はありません。PubMedPDFに新しい論文が登録できない場合はこの点を調べてください。

 


*これ以降の番号はこの順にやるという手順の番号ではなく、単なる項目:

[4] XAMPPを停止するには(この順でやれという意味でなくて、Shutdownの前に)
/Applications/xampp/StopXAMPP.scpt

をFinder(Dockに置いても良い)からダブルクリックすると Script Editorが起動するので、Runボタンを押す。起動と同様にパスワードが必要。 しばらく待って下に停止メッセージが表示されたことを確認してScript Editorをquit.
このスクリプトを使わなくても、Shellの使用が問題なければ、 次のコマンドでも停止できます:
sudo /Applications/xampp/xamppfiles/mampp stop

[5] LAN上の他のコンピュータからの利用

上の通り、XAMPP/XOOPS/PukiWikiの統合パッケージ をインストールするだけで、システムは動作しますので、動作確認をおこなってください。 インストールが行われたコンピュータ上のみで使用する限りは、このままで何も設定変更の必要はありません。 さらにLAN上の他のコンピュータからサーバとして利用するために、このパッケージをダウンロードしたと思いますので、 この場合にはXOOPSについて次のIPアドレス変更が必要です:

/Applications/xampp/htdocs/xoops/mainfile.php

にある"XOOPS Virtual Path (URL)"をでテキストエディタ (TextEdit.app等)で以下のように編集する。

define('XOOPS_URL', 'http://localhost/xoops');
 ->
define('XOOPS_URL', 'http://192.168.0.69/xoops');

ここで、192.168.0.69は単なる例で、サイト毎に異なります。実際には「システム環境設定」の「ネットワーク」を開いて、 「内蔵Ethernet」に設定されているIPアドレスに置き換えて mainfile.phpを編集してください。

LAN上の他のコンピュータからこのサーバにアクセスするためには、以下の形式のURLをこのサーバのIPアドレスを使って指定してください。 IPアドレスは、上記のとおり「システム環境設定」の「ネットワーク」設定パネルで表示されている物を使ってください。 LAN上にDNS(Domain Name Service)サーバがあり、アルファベットのホスト名がついている場合は、もちろんそれを使うこともできます。

http://192.168.0.69/

また、研究室サーバとして使われるこのマシンのIPアドレスは再起動されても同じアドレスが割り振られるように「手入力」で固定するか、 DHCPサーバによる動的な自動アドレス設定を使用しているネットワークでは、 このマシンにDHCPサーバの側からいつも同一の固定アドレスを割り当てるように設定してもらってください。 この詳細は、DHCPシステムによって違いますので、LANの管理者に尋ねてください。

注意:MacOS Xシステムに付属のFirewallを有効にしている場合は、システム環境設定>共有>FireWallで新規にポート80を通す設定を追加する必要があります。Personal Web共有は付属のApache専用で編集不可になっており、もちろん付属のApacheは使っていないので、別途新規にポート80を通す設定をしてください。これをしておかないとLANから(当然外部からも)アクセスできなくなります。

[6] セキュリティ

セキュリティの点では、このパッケージのデフォルト設定は穴だらけです。 ファイアウォール/ルータの内側のLAN上での使用に留めてください。 Global IPを与えてInternetに出す場合には、MySQLのパスワードの設定やその他のセキュリティ強化を行ってからにしてください。
  http://localhost/xampp/index.php
から見る事ができるStatusやSecurityの項目が参考になります。

[7] XOOPS (eXtensible Object Oriented Portal System)
XOOPSの管理者アカウント
  User: admin
  Password: vision
XOOPSのテスト用一般ユーザアカウント
  User: user1
  Password: vision
 
新規アカウントは誰でも作成できるように設定されていますが、管理者メニューからこのような点は変更できます。

[8] PukiWiki

 凍結/凍結解除パスワードは vision です。

[9] MySQLへのアクセスパスワード等(パッケージをそのまま使っている限りは必要ありませんが、 MySQLの設定変更やセキュリティの向上のための変更を行う場合に必要になります。)
 User: root
 Password: (無し) になっている
 XOOPSで使用するデータベース名: xoops
 データベース xoopsへのアクセスで使うUser: xoops
 Password: 3xoops3




iPapersとPubMedPDF/XOOPSの同期


iPapersは論文PDFファイルをiTunesが音楽ファイルを扱うのとほとんど同じ感覚で扱う事ができます。 Playlistと同様のお気に入りフォルダを作ったり検索ができるMacOS Xのアプリケーションです。 また、iTunesがWebブラウザを全く使わずに音楽ダウンロードできるのと同様に、 Webブラウザを全く使わずに論文サイトから論文PDFがダウンロードでき、PubMedIDのファイル名が自動的につけられます。 つまり、面倒なPubMedIDを全く気にする必要がなくなります。 http://homepage.mac.com/toshihiro_aoyama/iPapers/download.html
からダウンロードできます。

ここで説明するiPapersとPubMedPDFの同期により、PubMedPDF側でもPubMedIDを全く気にする必要がなくなります。 二度とPMIDをファイル名としてcopy-and-pasteとか手入力する必要がなくなります。

iPapers側ですること:

(a) iPapersの環境設定>Generalで"iPapers Article Folder Location"
を以下の通り設定する:
   /Applications/xampp/htdocs/xoops/modules/PubMedPDF/pdf

(b) PubMedPDFに登録された論文PDFをiPapersにも取り込むためには、iPapersのメニューから
   File > Import > New in Article Directory
を実行します。

PubMedPDF/XOOPS側で実行すること:

(c) XOOPSの管理者ユーザとしてログインし、PubMedPDFの「登録(PMIDあり)」をクリックします。 上から3番目の「一括登録(アップロード済みのデータが対象)」という項目のsubmitボタンを押して、 しばらく待ちます。iPapersとPubMedPDFのPDF フォルダが共有されているので、iPapersが取ってきた論文はこれだけで登録されます。

(d) さらに、簡単に上の「一括登録」までが完全自動化できます。

以下のコマンド(1行)をshell scriptに包んで、 cronあるいはlaunchdにより定期的に自動実行されるように設定してください。

/Applications/xampp/xamppfiles/bin/php 
/Applications/xampp/htdocs/xoops/modules/PubMedPDF/auto_run_bat.php
>> (log file somewhere)

ここらあたりは、Unixですので、Unixのことを多少知っている方に設定してもらってください。 詳しくは以下のUnix manページを見てください。

man crontab (全てのMacOS X)
man launchctl(MacOS X 10.4.x Tiger以降のみ)

これで、iPapersで取ってきた論文PDFは何もしなくても、 自動的に研究室Webサーバから全てのメンバーがアクセスできるようになります。



*以下は特別なことが無い限り、読む必要はありません。メモです。

各コンポーネントを最初からインストールする方法:
(上記のとおり、ここで提供されている研究室Portalサーバパッケージをインストールした場合は必要ありません。)

[1] XAMPP for MacOS X


http://www.apachefriends.org/en/xampp-macosx.html
から xampp-macosx-0.4.sitx または最新版をダウンロードする。

ダブルクリックによる解凍で、xampp-macosx-0.4.pkgができるので、これをダブルクリックしてインストールすると、
/Application/xamppにApache, PHP, Perl, MySQLなどがすべてインストールされる。

# 以下の情報の一部は池野先生のメールから:

(a) /Application/xampp/etc/httpd.conf の以下の3点を変更する
  # DefaultLanguage nl
 ->
  DefaultLanguage ja

  LanguagePriority en de nl et fr de el it ja ko ...
 ->
  LanguagePriority ja en de nl ...

  AddDefaultCharset ISO-8859-1
 ->
  # AddDefaultCharset ISO-8859-1
  


(b) PHP4にする

# cd /Application/xampp/xamppfiles
# ./mampp php4
 
(c) スタート

# ./mampp start

そのまま続けて、XOOPSの設定を[2]の通り行う。

[2] XOOPS (eXtensible Object Oriented Portal System)

http://jp.xoops.org/ (日本公式サイト)
展開したフォルダの中の、htmlフォルダごと、
/Application/xampp/htdocs にコピーする。
htdocs以下のownerはnobodyにしておく。

http://pcweb.mycom.co.jp/column/yetanother/006/
を参考にして、XOOPSで使用するMySQLデータベースを作成しておく。
(MySQLのrootユーザにパスワードが設定されている場合は、
以下の2つのコマンドで -urootの次に -password を追加する。)

% cd /Applications/xampp/xamppfiles/bin
% ./mysqladmin -uroot create xoops
% ./mysql -uroot xoops
Welcome to the MySQL monitor.  Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 2 to server version: 4.1.13

No entry for terminal type "xterm-color";
using dumb terminal settings.
Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the buffer.

mysql> grant all on xoops.* to xoops@localhost identified by '3xoops3';
Query OK, 0 rows affected (0.01 sec)

mysql> exit
Bye
% 

ブラウザで
http://localhost/xoops/
にアクセスすると、初回にはXOOPS設定ウイザードが表示されるので、指示に従って言語の選択から設定を行う。

必要ならば、
/Applications/xampp/htdocs/xoops/mainfile.php
を手動でテキストエディタで編集する。

[3] PubMedPDF モジュールのインストール

http://ppdf.sourceforge.jp/
の説明に従って、モジュールをダウンロードし、インストールする。
https://sourceforge.jp/projects/ppdf/
に最新版がある。

[4] PukiWiki

http://sourceforge.jp/projects/pukiwiki/
http://pukiwiki.org/ ( http://221.245.246.245/ )

/Application/xampp/htdocs/pukiwiki にインストール
/Application/xampp/htdocs/pukiwiki/pukiwiki.ini.php
を編集して、topページのタイトル等を設定し、凍結/凍結解除パスワードを vision に設定した。

*注意:XAMPPについては、htdocs以下のownerはnobodyになっているが、
XOOPS/PubMedPDF/PukiWikiはhtdocs内にファイルを追加するので、
ownerはnobodyになっていない事がある。

cd /Applications/xampp
chown -R nobody:admin htdocs


でownerをnobodyにしておく。

 


謝辞:このパッケージの目玉であるPubMedPDF/XOOPSはVisiome Platformのために開発された機能とスクリプトにヒントを得て、 兵庫県立大学の池野英利先生のグループで開発されました。詳しくは上記のPubMedPDFのモジュールのSourceForgeサイトをご覧ください。 もちろん、サーバ機能を提供しているXAMPP (Apache, Perl, PHP, MySQL), や XOOPS, PukiWiki、その他はそのままパッケージさせていただいています。 これらの非常に有用なソフトウエアの開発者とサポータの方々に感謝いたします。

無保証:無償ソフトをパッケージしただけであり、当研究室では役に立っていますが、他の研究室や用途に役立つ事および正常な動作を保証するものではありません。また、このパッケージの利用によるいかなる損害や賠償責任も、ご利用になる方の自己責任です。

 

 

 

 

 
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